El Banco Mercantil fue fundado por Simón Patiño en 1905, la primera sede central del banco fue establecida en la ciudad de Oruro, que en esa época fue el centro minero más importante del país. En 1907 se realizó la apertura de la Sucursal Cochabamba, estando ubicada en uno de los edificios más lujosos de la época. Posteriormente se abrieron agencias en La Paz, Sucre, Potosí, Uyuni, Tupiza, Tarija y Santa Cruz. Durante este periodo surgió una depresión económica mundial que afectó a varias empresas, sobre todo a las mineras. El Banco Mercantil continuó su trabajo y apoyó al crecimiento y desarrollo de la nación.
En el 2006, 100 años después de su fundación, se marca un nuevo hito con la compra del Banco Santa Cruz del grupo español Santander, consolidándose como el banco más grande del país bajo la nueva denominación de Banco Mercantil Santa Cruz. Diez años después, en una nueva apuesta por el país, el 2016 la institución bancaria adquirió la cartera de la Mutual La Paz y, ese mismo año, compra el Banco PyME Los Andes de propiedad de la compañía alemana Procredit. Esta fusión le permitió ingresar en un nicho de mercado altamente desafiante como es el sector de la micro, pequeña y mediana empresa, con bastante éxito.
